Фамилия Хоронжая звучит не по-русски, и это верная зацепка. Её основа — украинское или южнорусское слово «хоро́нжий», которое родственно польскому «chorąży». В Речи Посполитой, а затем и в казачьей среде так называли знаменосца, хорунжего — воинскую должность, а не просто профессию. Хорунжий нёс полковое знамя (хоругвь), был офицером, отвечавшим за сохранность символа части. В Российской империи чин хорунжего существовал в казачьих войсках, соответствуя прапорщику или подпоручику. Таким образом, фамилия Хоронжая — не про ремесло, а про военный статус предка, который либо служил хорунжим, либо получил прозвище за то, что нёс знамя.

Форма Хоронжая — женская, от мужской Хоронжий. Такие фамилии на -ий, -ый характерны для украинской и польской традиции (как Ткач, Коваль, Хорунжий). В русском языке они часто русифицировались в Хоронжев, Хоронжов, но здесь сохранилась исходная форма. Окончание -ая указывает, что фамилия принадлежит женщине, а мужская версия — Хоронжий. Встречается также написание через «у» — Хорунжая, что фонетически точнее, так как украинское «о» в закрытом слоге часто переходит в «і» (хорунжий). Но вариант с «о» — результат аканья или записи на слух.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине: Ростовская область, Краснодарский край, бывшие земли Войска Донского и Запорожья. Там чин хорунжего был повседневной реальностью до начала XX века. Носители фамилии Хоронжая — потомки казачьих офицеров или урядников, выполнявших знаменную службу. Дворянства это не давало, но давало сословное уважение и освобождение от податей.

В написании есть нюанс: путаница с корнем «хоронить» здесь маловероятна. Хотя «хоронжа» могла бы быть диалектным искажением слова «хороньба» (погребение), это противоречит военной семантике. Версия с «хорунжим» подтверждается и тем, что в старых метрических книгах фамилию часто писали через «у» — Хорунжая, что снимает сомнения.