Фамилия Хорошеничкин — редкий образец, в котором прозвище «нанизано» на двойной суффикс, как матрёшка. Разберём её по косточкам.

В основе лежит прилагательное «хороший» (или наречие «хорошо»). От него образовали прозвище Хорошеня — так в старину могли назвать доброго, пригожего или удачливого человека. Затем к прозвищу добавили уменьшительно-ласкательный суффикс -ичк-, получив Хорошеничка. Такая форма — не имя, а скорее вторичное прозвище, подчёркивающее родство или свойство: «сын Хорошени» или «маленький Хорошеня». И уже от этой основы по стандартной модели возникла фамилия: Хорошеничка → Хорошеничкин («чей?» — сын Хорошенички).

Примечательна география. Фамилия почти не встречается в центральных и южных областях России, но фиксируется в старых переписях севера и северо-востока — в Вологодской и Архангельской губерниях, а также в Приуралье. Там двойные суффиксы (вроде -ичк-ин) встречались чаще, чем в других регионах, и несли оттенок фамильярности или семейной прозвищной традиции.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные формы с суффиксом -ичк-ин выделяются в отдельную группу: они показывают, что прозвище закрепилось не за одним человеком, а за целым родом, где всех «внутри семьи» называли уменьшительно. Хорошеничкин — не «сын хорошего», а «внук Хорошени» или «потомок того, кого звали Хорошеничкой».

Другие версии, например, связь с названием села Хорошеничи (если такое существовало), маловероятны: топонимов с такой основой в доступных источниках нет. Фамилия — чисто прозвищная, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или посадской среды Русского Севера, где ценили меткие внутрисемейные клички.