Фамилия Хованчук — типичный пример восточнославянской фамилии, которая образовалась от прозвища. В её основе лежит прозвище Хован, а суффикс -чук указывает на принадлежность: в украинской традиции он означал «сын» или «ученик», то есть Хованчук — буквально «сын Хована». Такая модель была широко распространена на Правобережной Украине и в Поднепровье, где фамилии с этим суффиксом встречаются особенно часто.

Сам корень «хован» отсылает к украинскому глаголу «ховати», у которого несколько значений: «воспитывать», «хранить, беречь», а также «таить, укрывать». Отсюда первая и наиболее правдоподобная версия: Хованом могли называть любимого, выхоженного ребёнка, воспитанника, которого берегли и баловали. Прозвище в таком случае несло ласковый, родительский оттенок и закреплялось за человеком как знак того, что он был желанным и опекаемым.

Существует и географическая версия. Название реки Ховань (или Хованка) встречается в Шаховском районе Московской области. Местность там глухая, лесистая, и название связывают с тем же корнем: «ховаться» — «прятаться, скрываться». Если принять эту версию, то Хованчук — фамилия, указывающая на выходца из тех мест. Однако здесь стоит быть осторожным: суффикс -чук гораздо характернее для украинских земель, чем для Подмосковья, поэтому версия о реке выглядит менее убедительной для фамилии именно в такой форме.

Третья гипотеза уводит в сторону народных верований. Украинское слово «хованець» имело значение «черт, домовой». Славяне иногда давали детям имена злых духов как оберег: считалось, что нечистая сила не тронет того, кто носит её имя. Такие имена выполняли защитную функцию, и прозвище Хован могло возникнуть именно из этой традиции. Впрочем, эта версия более экзотична, и для неё меньше оснований, чем для первой: прозвища от глагола «ховати» в значении «беречь» фиксируются чаще.

Позже прозвище Хован, которое изначально сопутствовало наследственному имени, вытеснило его и в быту, и в документах. Фамилия Хованчук закрепилась за потомками человека, которого в своё время называли Хованом, и со временем стала передаваться из поколения в поколение уже как родовое имя.