Фамилия Хованська — это женская форма фамилии Хованський, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе фамилии лежит топоним — название населённого пункта. Скорее всего, родоначальник фамилии происходил из села или местечка с названием Ховань, Хованка или Хованське. Такие названия встречаются на западе Украины, в частности в Волынской и Ровенской областях. Суффикс -ськ- в фамилии указывает на «выходца оттуда», то есть Хованський — это «тот, кто из Ховани».

Корень «хован-» восходит к украинскому слову «ховати» — прятать, скрывать, беречь. Название поселения могло быть связано с укрытым, защищённым местом, возможно, в лесу или овраге. Однако не исключено, что в основе лежит прозвище первого поселенца или владельца — Хован, то есть «скрытный», «бережливый» человек. В польской ономастике тоже встречается фамилия Chowański, образованная по той же модели от слова «chować» (прятать, хоронить).

Поскольку фамилия имеет типично украинское окончание -ська, а не -ская, она указывает на украинское происхождение, а не на русское (сравните: Хованская — это уже русифицированный вариант). В дореволюционной России фамилия Хованский известна как княжеская (от топонима Хованск), но украинская Хованська к этому роду прямого отношения не имеет — это более поздняя, крестьянская или мещанская фамилия, возникшая по месту жительства.

Встречается фамилия и в Беларуси, где корень «ховаць» означает то же самое — прятать. Таким образом, предки носительницы фамилии Хованська могли быть крестьянами или ремесленниками из западноукраинского или белорусского села, которое называлось Ховань, а сама фамилия закрепилась за их потомками как указание на родину.