Фамилия Ховралева образована от прозвища Ховраль. В старину так называли неопрятного человека, а в некоторых говорах — невнимательного, ротозея. Основа прозвища — глагол «ховрать», то есть «ковырять, пачкать, делать кое-как». Человек, который работал небрежно, оставлял после себя грязь или вечно ходил неприбранным, получал меткое прозвище Ховраль, и оно закреплялось за ним прочнее имени.

Суффикс -ев- в фамилии указывает на принадлежность: Ховралева — это дочь или жена Ховраля, а в более широком смысле — потомок человека с таким прозвищем. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным мягким согласным.

Существует и другая версия, но она менее правдоподобна. Согласно ей, в основе лежит женское имя Ховра — уменьшительная форма от Феврония. Чередование ф/х действительно встречалось в древнерусском языке: так, Фёдора могли звать Ховра, а Февронию — Ховронья. Однако в данном случае форма Ховраль явно указывает на прозвище, а не на имя, и версия с неопрятным человеком выглядит убедительнее.

Степан Веселовский в своих ономастических трудах упоминает Ховру Григория Степановича, московского гостя первой половины XIV века. Это подтверждает, что основа «ховр-» бытовала в древнерусской антропонимии уже в XIV столетии, задолго до закрепления фамилий.

Позже потомки человека по прозвищу Ховраль получили фамилию Ховралева. Встречается и вариант Ховралёв с ударением на последний слог — такое написание характерно для южнорусских говоров, где ё после шипящих и плавных сохранялся отчётливее.