Фамилия Ховряков образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Ховряков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Ховряк. Основа здесь не от крестильного имени, а от прозвища, и это сразу выделяет фамилию среди множества «именных» — вроде Иванов или Петров.

Прозвище Ховряк в русских говорах имело вполне конкретное значение: так называли поросёнка, подсвинка, а иногда и взрослого кабана. Слово «ховряк» (или «ховряга») — диалектное, южнорусское и украинское, родственное «хрюкать» и «хряк». Прозвище могли дать человеку за внешнее сходство — например, за упитанность, хрипловатый голос или неопрятность. Но в крестьянской среде прозвища часто бывали «обережными»: назвать ребёнка поросёнком значило отвести от него сглаз и пожелать сытой жизни. Так что обидного подтекста могло и не быть.

Встречается и версия, что Ховряк — это вариант фамилии Ховрин, от более редкого имени Ховра (разговорная форма от Феодора или Евфросинии). Но для фамилии Ховряков такое объяснение менее убедительно: суффикс -як характерен именно для прозвищ, а не для производных от календарных имён. Плюс у слова «ховряк» есть чёткая параллель в животном мире, что типично для русских прозвищ.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине: Курская, Воронежская, Белгородская области, а также бывшие слободские земли. В переписях XVII–XVIII веков Ховряковы встречаются среди однодворцев — особого сословия, сочетавшего черты крестьян и мелких служилых людей. Это значит, что предки носителей фамилии могли нести сторожевую службу на южных рубежах или заниматься земледелием, а прозвище закрепилось за родом именно в этой среде.

Известных носителей фамилии, вошедших в энциклопедии или справочники, нет, что для фамилии с такой основой естественно: Ховряковы оставались в основном крестьянским и мещанским родом, не попавшим в дворянские родословные книги. Зато фамилия хорошо сохранила живое народное слово, которое сегодня почти вышло из употребления.