Фамилия Хрунтяев — редкий случай, когда основа прозвища не очевидна даже для специалиста. Если отбросить в сторону суффикс -ев (который указывает на отчество от прозвища или имени), остаётся корень Хрунт-. Слово «хрунт» в современном русском языке не встречается, но его можно реконструировать через диалекты и родственные фамилии.

Самый прямой путь — связать фамилию с диалектным глаголом «хрунтать» или «хрунтеть». В северных и сибирских говорах это означало «хныкать», «ныть», «капризничать», а также «говорить невнятно, бормотать». Прозвище Хрунтяй могли дать человеку с тихим, жалобным голосом или тому, кто постоянно выражал недовольство. Суффикс -яй в русских прозвищах (ср. Воробей, Негодяй, Кисляй) часто образовывал имена по характерному действию или свойству, поэтому «хрунтяй» — это «тот, кто хрунтит», то есть нытик или бормотун.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование — связь с диалектным словом «хрун» (или «хрын»), которое в некоторых областях обозначало «человека с неприятным, скрипучим голосом» или «старика». Однако эта гипотеза слабее, так как для фамилии Хрунтяев нужна основа именно на -т-.

Словообразовательная модель фамилии типична для русских отпрозвищных фамилий XVI–XVII веков: прозвище Хрунтяй → отчество Хрунтяев сын → фамилия Хрунтяев. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — там, где бытовал глагол «хрунтать». Встречается она редко, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или посадской среды, где прозвища давали по внешним или поведенческим чертам.

Примечательно, что в письменных источниках фамилия могла писаться через «о» — Хронтяев, так как в безударной позиции «о» и «у» в диалектах не различались. Это могло привести к путанице при переписи, но исходная форма, вероятно, именно с «у», так как она лучше объясняется живым глаголом.