Фамилия Хутарев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не потеряло связи с живым словом. Она образована от прозвища Хутар, а оно — от нарицательного «хутор». Хутор известен с древнейших времён у многих, главным образом земледельческих, народов Западной, Северной и Восточной Европы и у некоторых народов Средней Азии. На Украине, Дону и Кубани хуторами называли выселки из сёл или станиц, независимо от числа дворов. Они обычно возникали в ходе освоения новых земель. С развитием капитализма хутором стали называть обособленную усадьбу с хозяйственными постройками и земельным участком, находящимся в индивидуальном пользовании.

Слово «хутор» пришло в русский язык из украинского или белорусского, а туда — из венгерского, где «határ» означало границу, предел, а позже — отдельный участок земли за её чертой. Эта этимология объясняет, почему фамилия Хутарев звучит по-южнорусски: она бытовала в тех краях, где хуторская система расселения была особенно распространена.

Прозвище Хутар мог получить человек, живущий на хуторе, — тогда оно указывало на место жительства. Однако так могли прозвать и владельца большого красивого имения: в народной речи хутор нередко противопоставляли тесной деревенской застройке, и за ним закреплялся оттенок обособленности и достатка. Потомок человека, обладающего прозвищем Хутар, со временем получил фамилию Хутарев.

Суффикс -ев, а не более ожидаемый -ов, указывает на мягкую основу: в древнерусском произношении слово звучало как «хутарь», и от этой формы притяжательное прилагательное давало именно «Хутарев». Это же различие видно в парах однокоренных фамилий: Хуторов и Хутарев — они образованы от разных падежных или диалектных вариантов одного слова. Редкость фамилии объясняется тем, что в центральных губерниях России хуторов было мало, а прозвища от этого слова закрепились в основном на юге, где позже, при переписях, и оформились в фамилии.