Фамилия Киндеев — яркий пример того, как за привычной русской фамилией может скрываться неочевидная история. В её основе лежит мужское крестильное имя Киндей — редкая сокращённая форма от полного церковного имени Акиндин. С греческого языка имя Акиндин переводится как «безопасный», а его краткая форма Киндей, по одной из версий, приобрела противоположное значение — «опасный». Эта смысловая игра встречается в ономастике нечасто.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Киндей добавили типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Киндеев, то есть сын Киндея). Такая словообразовательная схема характерна для фамилий, возникших из крестильных имён, и встречается повсеместно.

Существует и альтернативная, менее правдоподобная версия, которая связывает фамилию не с греческим именем, а с прозвищем. Согласно этой гипотезе, прозвище Киндей могло произойти от марийского слова «кинде» — «хлеб». В таком случае основатель рода мог быть пекарем или хлеботорговцем. Однако эта версия уязвима: марийское слово нехарактерно для русской прозвищной системы центральных областей, где фамилия Киндеев фиксируется чаще всего. К тому же, марийские заимствования в русских фамилиях — редкость, и для такого прозвища нет убедительных исторических примеров.

Таким образом, наиболее надёжным объяснением остаётся происхождение от крестильного имени Киндей. Фамилия Киндеев — это наследственное указание на то, что предок носителя был назван в честь святого с этим редким именем, а сама фамилия органично вписалась в общерусскую модель образования от канонических имён.