Фамилия Киндеева происходит от мужского крестильного имени Киндей, которое является формой канонического имени Акиндин. С греческого языка Киндей переводится как «опасный», тогда как его полный вариант Акиндин означает «безопасный». На Руси имя Киндей встречалось в святцах, но было редким, поэтому и сама фамилия не получила широкого распространения. Поскольку имя было церковным, основная масса носителей фамилии Киндеева — потомки людей, крещённых этим именем, а не обладателей прозвища.

Существует и другая версия, менее правдоподобная, которая связывает фамилию с прозвищем Киндей, образованным от марийского слова «кинде» — «хлеб». Согласно этой гипотезе, основатель рода мог быть пекарем. Однако словообразовательная модель фамилии (суффикс -ев) типична для отчеств от церковных имён, а не от прозвищ из национальных языков, что делает первую версию более надёжной.

Фамилия Киндеева — женская форма, а мужской вариант — Киндеев. Встречается она преимущественно в Поволжье, что косвенно подтверждает возможное марийское влияние, но основным источником всё же остаётся редкое христианское имя.