Фамилия Киндеевы — один из примеров того, как за привычной русской фамилией может скрываться сразу несколько историй. Спор о её происхождении сводится к двум основным версиям, и разбираться в них интереснее всего, начав с самого неожиданного: с марийского языка.

Основная и самая распространённая версия — церковная. Фамилия образована от крестильного имени Киндей. Это сокращённая форма от полного имени Акиндин (в переводе с греческого — «безопасный»). Само же имя Киндей означает «опасный». Парадокс тут очевидный: полное и краткое имя значат прямо противоположное. В русской ономастике такие случаи не редкость — народное переосмысление и сокращение сложных греческих имён часто меняло их смысл. Потомок человека по имени Киндей (или Акиндин) получал фамилию Киндеев, что укладывается в типичную модель образования русских фамилий от календарных имён.

Вторая версия — прозвищная, и она как раз идёт вразрез с первой. Согласно ей, в основе фамилии лежит не церковное имя, а прозвище Киндей. Его связывают с марийским словом «кинде» — «хлеб». Если это так, то прозвище мог получить пекарь или человек, торговавший хлебом. Эта гипотеза менее правдоподобна, но у неё есть одно преимущество: она объясняет, почему фамилия могла закрепиться в регионах с финно-угорским населением. Марийское влияние на русские говоры Поволжья — факт известный, и такие заимствования в прозвищах встречаются. Правда, церковное имя Киндей — более надёжная основа: оно фиксируется в святцах и документах XVII века, а значит, вероятность того, что фамилия возникла именно от него, выше.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Киндеев), то есть «сын Киндея». О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и Киндеевы могли появиться независимо в разных губерниях. Но если опираться на марийскую версию, географический ареал можно сузить до территорий бывшего Казанского ханства и прилегающих областей, где русское население веками соседствовало с марийцами.