Фамилия Кинденко — один из характерных примеров украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой в этом регионе. Суффикс -енко исторически означал «сын» или «потомок», то есть Кинденко — это буквально «сын Кинды». Вопрос упирается в то, что такое «Кинда» или «Киндо».

Самая вероятная версия: в основе лежит прозвище Кинда, которое могло произойти от украинского или южнорусского диалектного слова «кинда» — так называли плетёную корзину для рыбы или, в других говорах, особый вид ловушки. Прозвище мог получить рыбак, корзинщик или человек с соответствующей фигурой или походкой. Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с тюркским именем или прозвищем Кинда (от слова «кенде» — «пуповина», «родной»), что могло быть у потомков выходцев из степных регионов. Но для украинской фамилии тюркская версия менее типична, хотя и не исключена.

Фамилия Кинденко почти не встречается за пределами Украины и юга России. Она явно оседлая, крестьянская или казацкая по происхождению: в реестрах Запорожского войска или переписях Гетманщины такие фамилии на -енко фиксировались массово. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в XVIII–XIX веках активно насаждались в великорусских губерниях, Кинденко сохранила аутентичную украинскую форму без русификации.

Стоит обратить внимание на редкий вариант написания — с буквой «е» после «н», а не «о» (Киндонко). Такое написание могло возникнуть из-за диалектного произношения: в некоторых говорах безударное «о» переходило в «е». Но основной, закреплённый в документах вариант — именно Кинденко. Фамилия не аристократическая, не дворянская, а народная — её носили простые люди, чьё прозвище было связано с бытом и промыслом.