Фамилия Киндратенко — яркий представитель украинской модели фамилий на -енко. В ономастике эта модель считается характерной для Поднепровья и Левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Киевщина), где фамилии на -енко в XVII–XVIII веках массово вытесняли старые прозвища и отчества. Суффикс -енко в украинской традиции означает «сын» или «потомок», то есть Киндратенко — буквально «сын Киндрата».

Основа фамилии — имя Киндрат. Это народная, украинская форма канонического крестильного имени Кондратий (в церковнославянской традиции — Кондрат). Само имя восходит к латинскому Contratus (сжатый, плотный) или, по другой версии, к греческому Kodratos (четвертый по счету, родившийся четвертым). В украинском языке начальное «Ко-» перешло в «Ки-» под влиянием мягкого произношения: Кондрат — Киндрат. Такая же закономерность видна в парах Кіндрат / Кондрат, Кіндратович / Кондратович.

Поскольку фамилия образована от имени, а не от прозвища, сословных ограничений у неё не было. Носителями Киндратенко могли быть и казаки, и крестьяне, и мещане — любой, чьего отца звали Киндратом. В реестрах Запорожского войска и метрических книгах XVIII века фамилия встречается в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях. В более северных регионах (Белоруссия, Смоленщина) распространена её параллельная форма — Кондратенко, с тем же корнем, но без украинского фонетического перехода.

Интересная деталь: фамилия Киндратенко почти не встречается за пределами Украины и юга России. Это объясняется тем, что модель на -енко оставалась региональной: в центральных российских губерниях преобладали фамилии на -ов/-ев. Если ваш предок носил фамилию Киндратенко, это с высокой вероятностью указывает на его происхождение с территории современной Центральной или Восточной Украины. При этом сама фамилия не редкая, но и не массовая — она держится в срединном диапазоне частотности, уступая, например, Шевченко или Ткаченко, но заметно опережая узко локальные варианты вроде Киндратюка.