Фамилия Кипрачёв — один из тех случаев, когда сразу бросается в глаза необычная основа. Она не отсылает к распространённому имени или профессии, а её ядро — «кипрач» — заставляет задуматься. Самая вероятная версия связывает фамилию с географическим названием Кипр. В старину выходца с острова или человека, торговавшего кипрскими товарами (например, вином или медью), могли прозвать Кипрачом. Суффикс -ач в русских прозвищах часто указывал на человека по характерному признаку: бородач, силач. Здесь он выполняет ту же роль — «тот, кто имеет отношение к Кипру». Менее убедительна гипотеза о связи с диалектным глаголом «киприть» (капризничать, дурить), но она не подкреплена устойчивой народной традицией.

Словообразовательная модель типична для русского севера и северо-востока. Фамилия образована по схеме «прозвище на -ач + фамильный суффикс -ёв». Ударение в исходном прозвище падало на последний слог: Кипра́ч, поэтому в фамилии под ударением оказывается окончание — Кипрачёв. Такое смещение характерно для многих русских фамилий от прозвищ с суффиксом -ач (Ткачёв, Трубачёв). В южных и западных регионах России тот же корень мог бы дать вариант Кипраченко или Кипрачук, но форма на -ёв указывает на великорусскую, скорее всего, северную или центральную зону расселения.

Фамилия редкая и компактная. Её носители встречаются в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о прозвище: в XVI–XVII веках в эти края ссылали или переселяли людей, в том числе купцов и мастеровых, имевших связи с южными рынками. Кипрач мог быть не просто «греком» или «киприотом», а человеком, получившим прозвище за экзотический товар или внешность, — скажем, смуглого торговца вином из Азова или Кафы.

Иных версий, которые бы всерьёз обсуждались в ономастике, нет. Словарь Б. Унбегауна и работы В. Никонова не выделяют её в отдельную статью, но модель образования полностью укладывается в описанные ими типы русских фамилий от прозвищ с суффиксом -ач. Никаких дворянских корней или громких исторических личностей за фамилией не числится — это крестьянская или посадская фамилия, возникшая в среде, где прозвище давали по яркой, запоминающейся черте.

На практике для носителя фамилии Кипрачёв это означает, что его предок почти наверняка жил в северной или центральной России, а его прозвище было связано с Кипром — либо через реальное происхождение, либо через торговлю. Фамилия сохранила редкий корень, который не переосмыслили в более привычные формы, и потому она звучит необычно даже на фоне других «географических» фамилий вроде Полтавцев или Немчинов.