Фамилия Кипреев — тот случай, когда географическая привязка оказывается куда надёжнее, чем попытка угадать ремесло предка. На первый взгляд корень «кипр-» наводит на мысль о далёком острове, но здесь всё проще и ближе.

Скорее всего, в основе фамилии лежит не название средиземноморского государства, а русское слово «кипрей» — так в народе называли иван-чай, высокое растение с розовыми соцветиями. Человек мог получить прозвище Кипрей по месту жительства — например, у зарослей кипрея на вырубке или пожарище, ведь иван-чай первым осваивает гари. Либо прозвище дали за внешнее сходство: высокий, худощавый, с рыжеватым оттенком волос (цветущий кипрей даёт красноватый пух). В любом случае, прозвище образовано по модели «растение → человек», как Горохов, Репьёв или Осинов.

Суффикс -ев указывает на патронимическую форму: Кипреев — сын Кипрея. В русской ономастике фамилии на -ев/-ов чаще всего означали принадлежность к отцу, носившему прозвище или имя Кипрей. Важно, что фамилия не на -ин, значит, основа не оканчивалась на -а/-я, что подтверждает мужскую форму прозвища.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России — там, где иван-чай традиционно рос в изобилии. В Тверской, Ярославской, Вологодской губерниях можно найти следы крестьян Кипреевых, которых так прозвали за любовь к зарослям кипрея или за занятие сбором этого растения (из него делали суррогат чая, набивали подушки пухом). Известна также версия, что Кипрей — это народное название растения «кипрейник», но в фамилию вошла именно краткая форма.

Версия с островом Кипр маловероятна для русской фамилии: географические названия такого типа обычно давали людям, побывавшим в тех краях (паломникам, купцам), но массовых миграций с Кипра в русские земли не было. Если бы предок был родом с Кипра, фамилия скорее звучала бы как Кипрский или Кипрянинов. Так что основное объяснение — прозвище от растения, простое и наглядное.