Фамилия Кипро — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение не лежит на поверхности. Сразу скажем: типичной русской фамилией на -ов или -ин она не стала, а значит, перед нами либо фамилия, образованная от прозвища без стандартного суффикса, либо вариант с иноязычным корнем.

Самый вероятный путь — связь с греческим именем Киприан (от названия острова Кипр). В русской традиции это имя давали при крещении, но в народе его часто сокращали: Кипр, Кипро, Кипруша. Фамилия Кипро могла закрепиться в форме прямого прозвища — так в документах могли записать человека, которого в быту звали просто Кипро. Такая модель (имя без суффикса) встречается у старообрядцев и в южнорусских говорах, где фамилии нередко «застывали» в виде чистого имени или прозвища.

Вторая версия — географическая. Фамилия могла возникнуть у выходцев с острова Кипр или у людей, торговавших с Кипром. В этом случае Кипро — это прозвище по месту жительства или занятию: «Кипро» как «киприот» или «тот, кто бывал на Кипре». Такие прозвища давали купцам, морякам или паломникам, и в русских городах XVII–XVIII веков греческие купцы были не редкостью.

Третий, менее вероятный вариант — связь с диалектным словом. В некоторых говорах «кипра» или «кипрь» могло означать что-то хрупкое, ломкое или даже капризное (ср. «кипеть» в переносном смысле — быть вспыльчивым). Но эта гипотеза слабая: ни в одном серьёзном словаре русских говоров такое значение не зафиксировано как основа для прозвища.

Словообразовательная модель проста: суффикса нет, фамилия представляет собой чистую основу. Это не типично для русских фамилий крестьянского сословия — чаще так оформлялись фамилии в среде духовенства или у малороссов. В украинской традиции фамилии без суффикса (Кипро, Григо, Дмитро) встречаются чаще, так что не исключено, что носитель фамилии родом из украинских земель.

География фамилии узкая: в современных базах данных Кипро встречается единично, в основном на юге России и в Сибири — там, куда переселялись греки и украинцы. Известных носителей с этой фамилией нет, что подтверждает её редкость.

Коротко: скорее всего, ваши предки носили имя Киприан, которое в быту сократили до Кипро, и фамилия закрепилась без изменений. Либо предок был греческим купцом или моряком, связанным с Кипром.