Фамилия Кирилишен — редкий пример так называемой «полуотчества» украинского типа. Её основа — имя Кирило (церковнославянская форма Кирилл, от греческого «кириос» — господин, владыка). Но ключевая особенность — суффикс -ишен. Это не стандартное русское -ов/-ев или -ин, а характерный для западных регионов Украины (Волынь, Подолье, Галичина) суффикс -ишин, -ишен. В украинской ономастике такие окончания указывают на принадлежность: «чий?» — «Кирилішин», то есть сын, потомок Кирила. Русская письменная фиксация «Кирилишен» — это адаптация украинского варианта под восточнославянскую графику, где звук [і] передали как «и», а окончание -ин заменили на -ен (по аналогии с русскими фамилиями вроде Дорошен, где -ен — тоже украинский след).

Если смотреть глубже, то модель образования фамилии — от имени отца (патроним) через суффикс -ишин, который в украинском языке вытеснял более древний -ов/ев. Это значит, что родоначальника звали Кирило, а его дети или внуки получили прозвание «Кирилішини». Со временем фамилия закрепилась за целым родом. Встречается она преимущественно в западных и центральных областях Украины (Хмельницкая, Винницкая, Житомирская области), а в России — как единичные случаи, занесённые миграцией.

Спорных версий у этой фамилии практически нет: корень прозрачен, а суффикс однозначно указывает на украинскую патронимическую традицию. Единственное, что может сбить с толку — написание «Кирилишен» вместо более привычного «Кирилишин». Но это вопрос не этимологии, а записи в паспорте: в XIX — начале XX века при переписях и выдаче документов чиновники часто упрощали или русифицировали окончания. Так что оба варианта — родственные.

Социальный контекст: носители фамилии — почти наверняка потомки крестьян или казаков, поскольку в дворянской среде украинские фамилии на -ишин не были распространены (там преобладали -ский/-цкий). Фамилия не даёт подсказок о ремесле или прозвище — только об имени предка. Поэтому для генеалогического поиска главная зацепка: ищите Кирилов в метрических книгах православных или греко-католических церквей на территории бывших Волынской, Подольской или Киевской губерний.