Фамилия Кирилишина — женская форма фамилии Кирилишин, и её разговорный или диалектный вариант может быть напрямую связан с именем Кирилл. Но если присмотреться к суффиксальной модели, становится ясно, что перед нами не просто отчество, а более редкая патронимическая форма, указывающая на принадлежность к конкретному роду или семье.

Основа фамилии — мужское имя Кирилл, которое пришло на Русь из греческого языка и означает «маленький господин» или «владыка». Однако стандартная модель образования фамилии от имени Кирилл дала бы нам формы Кириллов, Кирилловский или Кирилловых. Здесь же мы видим суффикс -ишин (-ишина), который характерен для северных и некоторых центральных областей России. Он образует фамилии от имён, оканчивающихся на -а или -я: Кирила (разговорная форма имени Кирилл) → Кирилишин. То есть предок носительницы фамилии был сыном человека по имени Кирила, но не просто «Кирилов сын», а «Кирилишин» — что подчёркивало его принадлежность к дому или общине, где главу звали именно так, в обиходной форме.

Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию не с именем, а с прозвищем. В некоторых говорах «кирила» или «кирилиха» могли называть человека, который часто поминал святого Кирилла, либо того, кто вёл себя как «кирилка» — так в диалектах иногда называли нелюдимого или угрюмого человека. Но эта гипотеза слабая: в ономастике закрепилось, что большинство фамилий с суффиксом -ишин произошли именно от имён, а не от прозвищ, и исключения редки.

Географически фамилия Кирилишина встречается в основном в центральной России и Поволжье, особенно в Нижегородской и Владимирской областях, где суффикс -ишин был распространён. В XIX веке носители такой фамилии были преимущественно крестьянами или мещанами, так как дворянские роды предпочитали более «книжные» формы вроде Кирилловых. Таким образом, предки Кирилишиной — это люди, чья родовая идентичность строилась на имени отца или деда, которого в быту звали просто Кирила.