Фамилия Кирилишена — редкий пример, когда женская форма фамилии закрепилась в качестве основной и не меняется по родам. В русской традиции фамилии на -а, образованные от полных женских отчеств или прозвищ, встречаются нечасто, и Кирилишена — один из таких случаев.

Основа фамилии — женское имя Кирилиша. Это просторечная, обиходная форма от имени Кирилла, образованная по той же модели, что и «Мариша» от Мария или «Антониша» от Антония. Суффикс -иш- в данном случае не уменьшительно-ласкательный, а скорее разговорно-нейтральный, характерный для сельской или мещанской среды. Таким образом, Кирилишена буквально означает «дочь (или жена) Кирилиши», то есть женщины по имени Кирилиша.

Фамилия могла возникнуть двумя путями. Первый, более вероятный: ее дали ребенку, родившемуся вне брака, по имени матери — тогда это отчество-прозвище, перешедшее в фамилию. Второй вариант: фамилия образована от прозвища самого носителя, где «Кирилиша» — это уже мужское прозвище, данное, например, за сходство с женщиной-тезкой или за манеру поведения. Но в любом случае, в основе лежит имя Кирилл, которое в переводе с греческого означает «господин» или «владыка».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где женские формы отчеств на -ишна были особенно распространены в быту. Встречается она в основном в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани. Известных носителей с такой фамилией в публичном поле почти нет, что подтверждает ее локальный и достаточно поздний характер — скорее всего, фамилия окончательно оформилась не раньше конца XVIII — начала XIX века.

С точки зрения словообразования, Кирилишена стоит в ряду таких же «женских» фамилий, как Маришин, Антонишин, Наталишин, но в отличие от них сохранила окончание -а, что делает ее грамматически несклоняемой в мужском варианте. В паспорте у мужчины с такой фамилией будет написано «Кирилишена», и это не ошибка, а редкая фиксация исторической формы.