Фамилия Киркишко — редкий пример украинской фамилии, образованной от уменьшительной формы канонического имени. В её основе лежит имя Кирка, которое представляет собой народную, разговорную версию крестильного имени Кирилл. У восточных славян имя Кирилл часто сокращали до форм Кир, Кира, Кирка, откуда и пошло прозвище Киркиш — «маленький Кирка» или «сын Кирки».

Суффикс -ишк- в украинской ономастике выполняет ту же роль, что и в русских фамилиях на -ишков или -ищев: он указывает на принадлежность или происхождение. Но в украинском языке этот суффикс чаще встречается в прозвищах с оттенком уменьшительности или пренебрежительности. Фамилия Киркишко, таким образом, буквально означает «маленький Кирка» или «потомок Кирки». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Кирки́шко.

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским и южноукраинским регионам, особенно к бывшим территориям Подолья и Волыни. Встречается она и в Беларуси, но реже. В России Киркишко — единичные случаи, обычно связанные с миграцией украинцев в XIX–XX веках. Интересно, что фамилия не имеет вариантов с русскими суффиксами -ов или -ин: она осталась в исходной украинской форме, что говорит о сравнительно позднем закреплении (не ранее XVIII века, когда фамилии фиксировались в реестрах Войска Запорожского и мещанских книгах).

Корень Кирк- может быть спутан с другими основами. Например, в южнославянских языках «кирка» означает «мотыга» или «кирка» (инструмент), но для украинской фамилии эта версия маловероятна: прозвище по орудию труда обычно давалось в форме Киркарь или Киркач, а не Кирка. В польском языке kirka — это «церковь» (от нем. Kirche), но носители фамилии Киркишко в Польше встречаются редко, и связь с религиозным термином не подтверждается документально.

Сословно носители фамилии принадлежали к казачеству или крестьянству. Фамилия не дворянская, не встречается в «Бархатной книге» или гербовниках. В метрических книгах XIX века Киркишко записаны как «малороссийские казаки» или «посполитые» — свободные, но не привилегированные крестьяне. Сегодня фамилия сохраняется в основном в Украине, а также в диаспоре в Канаде и США.