Фамилия Киркижов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером или внешностью, а с конкретным ремеслом. В её корне лежит тюркское слово «кыркыжы» — так называли резчика по камню, каменотёса, а в более широком смысле — мастера, работающего с твёрдыми материалами. В русских говорах слово трансформировалось в «киркиж» или «киркич». Так что первый носитель фамилии, скорее всего, занимался обработкой камня: клал фундаменты, вытёсывал жернова или надгробия.

Модель образования проста: прозвище Киркиж (или Киркич) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Фамилия отвечает на вопрос «чей?» — сын Киркижа. Окончание на -ов, а не на -ев, указывает, что основа оканчивалась на твёрдый согласный (ж, ш). Это стандартный для центральной России способ оформления фамилий, в отличие от украинского -енко или белорусского -ич.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где веками жили тюркские народы и где русские плотно с ними контактировали. Встречается она и в среде донских казаков: «киркижами» там могли называть не только каменщиков, но и солдат, разбивавших крепостные стены киркой. Вторая версия, менее вероятная, но возможная — происхождение от имени Кирилл через диалектную форму Кирка. Однако тюркская версия убедительнее: она объясняет и редкую основу, и ареал бытования.

В документах фамилия иногда писалась как Киркичев или Киркижов — разница в одну букву (ж/ч) отражает местное произношение. Владельцы фамилии в XIX веке числились в основном среди государственных крестьян и мещан, то есть людей, не знавших крепостной зависимости.