Фамилия Киршнев — одна из тех, где основа иноязычная, а суффикс — коренной русский. Скорее всего, перед нами «географическая» фамилия: её образовали от названия населённого пункта Киршово или Киршево. Такие топонимы встречаются в западных областях России (например, в бывшей Смоленской губернии). Человек, переселившийся из такого места, получал прозвание Киршнев — то есть «выходец из Киршова». Суффикс -ев (а не -ов) указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или шипящий: Кирш-ев.

В основе названия, скорее всего, лежит личное имя Кирша — уменьшительная форма от канонического имени Кирилл. На русской почве имя Кирилл давало множество производных: Кир, Кира, Кирюша, Кирша. Последняя форма особенно характерна для южнорусских и украинских говоров, где «и» переходило в «ы»: Кирша звучало как Кырша. Отсюда же фамилии Киршин, Киршов, Кирша.

Менее вероятна, но возможна связь с немецкой фамилией Kirsch (вишня) или Kirchner (церковный служка). Немецкие колонисты оседали в Поволжье и на юге России, и их фамилии иногда русифицировали добавлением -ев или -ов. Однако для фамилии Киршнев такой путь менее типичен: обычно немецкие основы давали Киршнер, Киршов, а не Киршнев. Версия с русским топонимом и именем Кирша выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, в XIX веке фиксировалась преимущественно в центральных и южных губерниях России — Тамбовской, Рязанской, Курской. Носители её, судя по сословной принадлежности, были в основном крестьянами и мещанами. Дворянских ветвей с такой фамилией не отмечено.