Фамилия Киржайкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, географическое прозвище. В ней отчетливо слышен литовский или жемайтский след: корень «Киржай» восходит к литовскому kiržis или kiržiai, что означает «перекресток» или «распутье». В Литве и на приграничных с ней территориях (бывшая Ковенская губерния, часть Виленской) такие прозвища давали человеку, жившему на развилке дорог, у перекрестка, или тому, кто постоянно менял место жительства, «бродил по перепутьям».

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «Киржайкин» значит «сын Киржая» или «человек из рода Киржая». Само же прозвище Киржай (с ударением, вероятно, на второй слог) — это русифицированная форма литовского слова. Фамилия могла возникнуть в тех местах, где русские и литовцы жили бок о бок, особенно в Виленской или Ковенской губерниях, откуда носители потом расселились по центральной России.

Первая версия — топонимическая: предок получил прозвище по месту жительства. Вторая, менее вероятная, — от личного имени Киржай, которое могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Кирилл (через форму Кирша, Кирюха), но литовский корень «kirž-» делает эту связь натянутой. Также нельзя исключать, что Киржай — это прозвище человека с особенностью речи или характера (от лит. kiržti — «хрипеть», «сипеть»), но это уже домыслы.

В словарях русских фамилий Киржайкин не встречается, что подтверждает его редкость и локальный характер. Социально носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами из западных губерний Российской империи. Фамилия не получила широкого распространения и осталась в пределах нескольких родовых гнезд, возможно, в Псковской или Смоленской областях.