Фамилия Киселкина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Киселкин. В её основе лежит мирское имя или прозвище Киселка. Слово «киселка» в русских говорах имело два основных значения, и оба могли стать источником фамилии.

Первое и самое прямое значение — красная смородина. В старину эту ягоду называли киселкой из-за кислого вкуса. Мирские имена, образованные от названий растений, были повсеместно распространены на Руси. Давая ребёнку имя Киселка, родители верили, что природа примет его как своего и передаст ему полезные свойства растения. Такая модель имянаречения была типична для дохристианской и раннехристианской традиции.

Второе значение ведёт к прозвищу, связанному с прилагательным «кислый». Но здесь есть нюанс. Прозвище Киселка могло относиться не столько к характеру человека, сколько к его роли в свадебном обряде. В некоторых регионах «кислым» называли человека, который при подъезде свадебного поезда подносил хмельное и угощал встречных. Это была почётная и важная обязанность. Таким образом, предок носителей фамилии мог быть не просто угрюмым человеком, а участником свадебного ритуала.

Словообразовательная модель проста: суффикс -к- уменьшительно-ласкательный, а затем фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Киселки). Фамилия Киселкина — одна из тех, что образована не от крестильного имени, а от бытового прозвища или мирского имени, что характерно для значительной части русских фамилий. Точное место и время возникновения рода Киселкиных можно установить только в ходе глубоких генеалогических изысканий, но ясно, что фамилия эта древняя и уходит корнями в народную, а не книжную традицию имянаречения.