Фамилия Кияненко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель, означающая «сын» или «потомок», была особенно распространена в Левобережной и Степной Украине в XVII–XVIII веках. В основе фамилии лежит прозвище Киян, которое напрямую связано с названием жителя Киева: «киянин» — киевлянин.

Первая и наиболее убедительная версия происхождения — географическая. Прозвище Киян получал человек, который либо родился в Киеве, либо долгое время там жил, либо переехал оттуда в другую местность. В условиях, когда фамилии только закреплялись, указание на место выхода было одним из самых простых и понятных способов идентифицировать человека. Так, основатель рода Кияненко, вероятно, был выходцем из столицы Украины, и это обстоятельство закрепилось за ним в виде прозвища, а затем и фамилии его потомков.

Существует и альтернативная, но менее правдоподобная гипотеза, связывающая прозвище Киян с новогреческим словом «киянос» — «василёк». Согласно этой версии, прозвище могло указывать на цвет глаз — ярко-голубой, необычный для греков. Однако эта версия слаба по двум причинам: во-первых, маловероятно, что греческое слово стало основой для прозвища в украинской среде, а во-вторых, связь с топонимом «Киев» лежит на поверхности и не требует сложных лингвистических построений.

Со временем прозвище Киян, первоначально бытовавшее как дополнительное именование, закрепилось в качестве родового имени. Суффикс -енко превратил его в фамилию, буквально означающую «потомок Кияна». Фамилия Кияненко органично вписывается в ряд украинских фамилий, образованных от названий жителей городов (Полтавенко, Львовенко, Харьковенко), и однозначно указывает на киевские корни её первых носителей.