Фамилия Киянко образована от прозвища Киян, а её основа — скорее всего, указание на родство с Киевом. Славянская основа «киян» прямо означала «киевлянин», «житель Киева». Таким образом, предок человека с фамилией Киянко, вероятно, был выходцем из этого древнего города или имел к нему прямое отношение. Сам Киев, возникший в IX веке, по преданию основал князь полян Кий. Имя Кий, в свою очередь, возводят либо к славянскому слову со значением «палица, дубина, боевой молот», либо к тюркскому «высокий берег».

Суффикс -ко в фамилии Киянко — типичный для украинской и южнорусской ономастики. Он придаёт значению оттенок принадлежности: Киянко буквально понималось как «сын Кияна» или «потомок Кияна». Со временем прозвище, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его в быту и документах.

Есть и менее распространённая версия: прозвище Киян могло произойти от нарицательного «киян» в значении «океан, открытое море». В таком случае прозвище мог получить человек, живший на берегу моря. Эта гипотеза выглядит правдоподобной для регионов, где был распространён говор с подобным словом, но для фамилии Киянко она менее вероятна, чем связь с Киевом.

Ещё одна, совсем слабая версия выводит фамилию от греческого «киянос» — «василёк». Она не подтверждается ни географией бытования фамилии, ни типичными моделями образования русских и украинских прозвищ, поэтому её можно отбросить.