Фамилия Клеен — одна из тех, где за простотой скрывается неочевидное. С первого взгляда кажется, что корень здесь — «клей» или «клеить», но на деле всё сложнее, и именно в этом её интерес.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -ен, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно он характерен для украинских и белорусских фамилий, где выступает аналогом русского -ов/-ев. В таком случае основа могла быть прозвищем или профессией: «клеен» — тот, кто занимается клеением, например, столяр-краснодеревщик, мастер по склейке дерева или переплётчик. В старину «клеить» означало не только соединять, но и «мастерить, чинить», так что предок мог быть ремесленником широкого профиля.

Вторая версия ведёт в немецкий язык. В России, особенно в Поволжье и Причерноморье, среди немецких колонистов была фамилия Kleen (или Klen). Она могла быть связана с немецким «klein» — «маленький», либо с диалектным «Klee» — «клевер». Русское ухо переделало её в Клеен, а носители со временем обрусели. Это объясняет, почему фамилия встречается в тех регионах, где исторически селили немцев: Саратовская, Самарская, Волгоградская области, а также на юге Украины.

Спор между версиями решается просто: если фамилия распространена в центральной России, скорее, это прозвище от ремесла. Если в Поволжье или на юге — велика вероятность немецкого следа. Точнее сказать без генеалогического исследования конкретной семьи трудно, но обе гипотезы имеют под собой реальную почву.

Есть и третий, более редкий вариант: отчество от имени Клей (уменьшительное от Клементий или Климент). Но для фамилии Клеен эта версия слабая — слишком далека форма от исходного имени, и нет документальных подтверждений в старых переписях.

Встречаемость фамилии невысокая, что делает её ценной для поиска: носители чаще всего связаны родством, а не просто однофамильцы. В дореволюционных списках Клеены фиксировались в основном среди крестьян и мещан, без привязки к дворянству.