Фамилия Клепатский — один из тех родовых имен, которые ведут к польской культурной и языковой традиции. Чаще всего такие фамилии имеют в основе либо название места, откуда был родом предок, либо его ремесло, и Клепатский здесь не исключение. Скорее всего, это фонетический вариант польской фамилии Клепацкий (Klepacki), которая, в свою очередь, образована от прозвища.

У этой фамилии две основные версии происхождения, и обе правдоподобны. Первая — топонимическая: прозвище Клепацкий могли дать выходцу из поселения Klepacze (Клепаче) в окрестностях Белостока. В Польше фамилии с суффиксом -ский/-цкий традиционно указывали на дворянское происхождение или принадлежность к местности, поэтому основатель рода Клепацких вполне мог быть шляхтичем или зажиточным крестьянином из тех мест. Когда фамилия перешла в русскую среду, сочетание «пц» могло измениться на более привычное «пт» — так и появился вариант Клепатский.

Вторая версия — профессиональная. Польское слово klepacz означает «кузнец», то есть человека, который «клепает», выковывает металл. Прозвище Клепач было распространено среди ремесленников и относилось к так называемым «профессиональным» именованиям: оно прямо указывало на род занятий предка. От этого прозвища через форму Клепацкий (с добавлением суффикса принадлежности) и возникла фамилия Клепатский. Обе версии не противоречат друг другу: в одном случае предок был кузнецом, в другом — переселенцем из деревни Клепаче, чье название тоже могло быть связано с кузнечным делом.

Словообразовательная модель здесь типична для польских фамилий: основа (Клепач или Клепац-) плюс суффикс -ский, который в польской традиции часто маркировал шляхетское сословие. Однако со временем фамилия распространилась и среди других слоев населения. В русском языке суффикс -ский стал восприниматься как стандартный фамильный, поэтому Клепатские встречаются как в восточнославянских, так и в польских землях.