Фамилия Клепников образована по самой распространенной в русском языке модели — от прозвища или профессии с помощью суффикса -ов. Основа здесь — «клепник». Это слово в русских говорах имело два основных значения, и оба ведут к разным, но одинаково правдоподобным версиям происхождения.

Первое и самое прямое значение — «клепальщик», то есть мастер, который скрепляет металлические детали заклепками. Второе — «клёп», или «клепка»: так называли дощечки, из которых собирали бочки, ушаты и другую деревянную посуду. Соответственно, «клепник» — это бондарь, ремесленник, изготовляющий клепку или собирающий из неё бочки. Обе профессии были востребованы в крестьянском быту и городских ремесленных слободах, поэтому прозвище Клепник могло закрепиться за человеком, который занимался любым из этих дел.

Менее вероятна, но не исключена связь с прозвищем, данным по характеру. В некоторых диалектах «клепать» означало «клеветать, наговаривать». В этом случае Клепником могли назвать ябеду или сплетника. Однако, учитывая, что в основе фамилий куда чаще лежат ремесленные прозвища, чем отрицательные черты, версия с профессией выглядит убедительнее.

С точки зрения географии, фамилия не привязана к какому-то одному региону. Она встречается и в центральных областях России, и на Урале, и в Поволжье — везде, где были развиты металлообработка или бондарное дело. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась в среде великорусского населения, в отличие от украинских или белорусских аналогов с суффиксами -енко или -ук.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Клепачев, Клепиков, Клепальщиков — показывает, что все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами. Клепников стоит в этом ряду особняком: суффикс -ник здесь указывает на лицо по роду занятий (как в фамилиях Сапожников, Мельников), а не на принадлежность к чему-то. То есть носитель фамилии Клепников — это потомок человека, которого в округе знали как «клепника», мастера по клепке.