Фамилия Клинтухова — женская форма, а мужская — Клинтухов. С точки зрения словообразования фамилия простая и прозрачная: суффикс -ов- указывает на принадлежность или родство («чей?»), то есть Клинтухов — потомок человека по прозвищу или имени Клинтух. Вся интрига — в основе.

Слово «клинтух» в русских говорах имеет два основных значения, и оба ведут в мир живой природы. Первое и самое вероятное — это название птицы. Клинтух, или лесной голубь, близкий родственник вяхиря, обитает в лесах средней полосы. Птица эта осторожная, но в старину на неё охотились. Прозвище Клинтух мог получить человек, чем-то напоминавший эту птицу: голубоглазый, с тихим воркующим голосом, либо, наоборот, за повадку «ворковать» или сидеть нахохлившись. В ономастике прозвища от названий птиц — один из самых распространённых источников русских фамилий (сравните: Соколов, Воробьёв, Голубев). Клинтухов в этом ряду стоит особняком: это не «главный» голубь, а именно лесной, дикий — прозвище могли дать человеку, жившему отшельником или в глухой местности.

Вторая, более редкая версия — от слова «клинтух» в значении «клин», «клинок» или «небольшой клинышек» (в некоторых говорах так называли деревянный клин для расщепления дров или колодки). Тогда прозвище могло относиться к ремеслу: плотнику, бондарю или даже кузнецу. Однако эта версия менее убедительна: суффикс -ух- в русских прозвищах чаще образует названия живых существ (летух, пастух), а не инструментов.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в центральных и северо-западных областях России — там, где водятся клинтухи. В дореволюционных списках и современных базах она не массовая, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, один род или несколько неродственных семей, получивших прозвище в одной местности.

Итак, с высокой долей вероятности первый носитель фамилии Клинтухов — человек, которого в деревне прозвали за сходство с лесным голубем. Фамилия сохранила в себе не только звук, но и образ: дикая птица, лес, тишина.