Фамилия Кобенко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель, означающая «сын» или «потомок», была особенно распространена в Левобережной Украине и стала одним из главных способов формирования наследственных имен в XVII–XVIII веках. В основе фамилии лежит прозвище Коба, которое и дало начало всему роду.

С прозвищем Коба не всё однозначно. Самая прямая версия отсылает к нарицательному «коба» — слову с богатой семантикой, означавшему корягу, пень, кол, а также сваю для причала судов или просто кочку. Человек, получивший такое прозвище, мог быть крепким, коренастым, «коряжистым» — или же, по народной образности, так ласково называли младенца, который любил растопыривать ножки и «корячиться». В любом случае, прозвище описывало внешность или повадку, а не профессию.

Есть и другая, менее очевидная гипотеза. В украинских говорах «коба» могла обозначать часть верхней одежды — накидку или капюшон, который в ненастье набрасывают на голову, а в хорошую погоду отбрасывают за спину. Если эта версия верна, то Кобой прозвали человека, который постоянно носил плащ с капюшоном или куколь — монашеский головной убор. Такая деталь могла стать устойчивой приметой и закрепиться в качестве прозвища.

Со временем прозвище Коба стало наследственным именем, вытеснив крестильное имя в быту и документах. А когда понадобилось обозначить потомков, к основе добавили типичный украинский суффикс -енко. Так из имени одного человека — Кобы — появилась фамилия целого рода: Кобенко, то есть «Кобин сын» или «потомок Кобы».