Фамилия Кобина образована от прозвища Коба. Скорее всего, в его основе лежит нарицательное «коба» — так в русских говорах называли корягу, пень, надолбу, сваю для причалки судна, а также кочку или пенек. Исходя из этого, можно предположить, что Кобой ласково называли младенца, имевшего манеру растопыривать ножки, «корячиться». Прозвище могло закрепиться и за взрослым человеком — коренастым, приземистым или упрямым, как пень.

Согласно другой гипотезе, в основе фамилии лежит диалектное украинское слово «коба» — часть верхней одежды для защиты от ненастья; когда в ней нет потребности, её отбрасывают за спину. Возможно, Кобой называли человека, ходившего в плаще с капюшоном или в куколе — так в старину именовали дорожный балахон. Эта версия связывает прозвище с характерной деталью одежды или родом занятий.

Фамилия Кобина образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Кобы». Ударение падает на первый слог, что характерно для фамилий с основой на -а и суффиксом -ин. Эта модель встречается реже, чем патронимическая модель на -ов/-ев, что делает фамилию Кобина менее распространённой, но не редкой по происхождению.

Версия с украинским диалектным словом выглядит менее вероятной: фамилия Кобина встречается преимущественно в русских регионах, и её словообразование (суффикс -ин) типично для северных и центральных областей России. Однако полностью исключать южное влияние нельзя — фамилия могла возникнуть на границе диалектных зон.