Фамилия Кобук — редкая, с неочевидной этимологией, и её происхождение стоит искать не в славянских, а в тюркских корнях. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, эта фамилия представляет собой чистую основу, что само по себе указывает на её относительно позднее закрепление или на иноязычное происхождение.

Самый прямой путь к разгадке — тюркское слово «кобук» (или «кобык»), которое в ряде языков (татарском, башкирском, казахском) означает «пена», «накипь», а также «кора» или «шелуха». В переносном смысле такое прозвище могли дать человеку вспыльчивому, «кипучему», либо, напротив, легкомысленному, «пустому», как пена. Встречается и значение «дупло» или «полость» — в этом случае прозвище могло относиться к тощему, худому человеку.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от украинского или польского слова «кобук» (kobuk) — вид сокола или ястреба. В таком случае фамилия могла быть профессиональным прозвищем сокольничего или человека, занимавшегося ловчей птицей. Однако эта версия слабее, так как в славянских языках для сокола чаще употреблялись слова «кобец» или «кобчик», а форма «кобук» тяготеет к тюркским заимствованиям.

География фамилии Кобук сегодня размыта, но её концентрация на юге России, в Поволжье и на Урале подтверждает тюркскую версию. В этих регионах фамилия могла возникнуть как прямое прозвище, данное русскими крестьянами или казаками переселенцу из татарской или башкирской среды. Возможно, изначально это было не прозвище, а тюркское личное имя, которое затем без изменений перешло в фамилию — такой способ бытования характерен для многих нерусских фамилий.

Суффиксальный разбор здесь не даёт подсказки: окончание -ук в этой фамилии не является типичным русским суффиксом (как в «козак» или «казак»), а скорее входит в корень. Это отличает Кобук от более распространённых фамилий вроде Кобуков, где тюркская основа уже получила славянское оформление. Вариант Кобук без суффикса — архаичная, «сырая» форма, сохранившая первоначальный облик прозвища или имени.