Фамилия Кочеганов образована от «охранного» имени Кочеган. В основе лежит не профессия (хотя она напрашивается из-за созвучия со словом «кочегар»), а древний мифологический персонаж. В верованиях саяно-алтайских тюркоязычных народов упоминается дух Кочеган, культ которого носил эротический характер. Согласно преданиям, он был сначала смертным человеком, отличавшимся распутством, за что шаман забросил его на седьмое небо. По другой версии, он сам был блудливым шаманом и забрался на небо, спасаясь от врагов.

Такие имена давали детям с обережной целью: считалось, что злой дух не тронет ребенка, носящего одно с ним имя. То есть имя Кочеган должно было защищать, а не провоцировать. Эта практика — давать «страшные» или «нечистые» имена — характерна для многих культур: считалось, что зло не позарится на своё же.

Суффикс -ов в фамилии Кочеганов — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Кочегана». Модель образования простая и распространённая: прозвище или некалендарное имя → имя отца → фамилия.

В официальных документах фамилия могла закрепиться в центральных и южных регионах России, куда переселялись служилые люди из Поволжья и Приуралья. Встречается вариант написания Кочеганов без чередования, что говорит о поздней фиксации, когда мифологическая подоплёка уже забылась, и имя переосмыслили как профессиональное прозвище кочегара. Однако этимологически связь с ремеслом вторична: в основе лежит не русское слово, а тюркское имя собственное.