Фамилия Кочерганова — женская форма фамилии Кочерганов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Кочерган. В отличие от большинства фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён, эта фамилия отчётливо прозвищная, и её основа лежит в бытовой, а не в церковной сфере.

Корень здесь — «кочерга». Кочергой на Руси называли железный прут с загнутым концом для перемешивания углей в печи. Но прозвище Кочерган давали не печнику и не кузнецу, а скорее человеку с определённым складом характера или внешности. В русских говорах слово «кочерга» имело переносные значения: так могли назвать сутулого, сгорбленного человека (по форме кочерги) или, наоборот, неуклюжего, высокого и худого. В некоторых диалектах «кочерган» означал упрямца или задиру — того, кто «лезет, как кочерга в печь».

Суффикс -ан- в основе (Кочерг-ан) — типичный для русских прозвищ, придающий слову оттенок просторечия или даже грубоватости. Сравните: «рвач» — «рвач-ан», «толстый» — «толст-ан». Таким образом, Кочерган — это не просто человек, имеющий отношение к кочерге, а человек с яркой, возможно, неудобной чертой.

Фамилия Кочерганов относится к числу так называемых «печных» фамилий, куда входят также Кочергин, Кочергов, Заслонкин, Ухватов. Но модель Кочерганов встречается реже, чем Кочергин. Это может говорить о том, что фамилия закрепилась в конкретном регионе, где прозвищная форма на -ан была особенно распространена, например, в южнорусских или поволжских говорах. В современном виде фамилия Кочерганова нередка на Урале и в Сибири, куда переселенцы принесли свои родовые прозвания.

Версия о происхождении от тюркского слова «кочкар» (баран-производитель) или от казахского «кошкар» (вожак) маловероятна для этой фамилии: русская морфология (суффикс -ан, окончание -ов) слишком плотно сращена с основой, чтобы видеть здесь иноязычный корень. Фамилия Кочерганов — русская по словообразованию и бытовая по смыслу, и её носительницам стоит искать предка не среди знати, а среди крестьян или посадских людей, получивших прозвище за характер или внешность.