Фамилия Коханин происходит от прозвища Коханя, а то, в свою очередь, — от украинского слова «коханий», то есть «любимый, милый». Так в семье могли назвать горячо любимого ребёнка, и это ласковое прозвище со временем закрепилось как фамильное имя. Суффикс -ин указывает на типичную для восточнославянских фамилий модель принадлежности: «чей?» — Коханин, то есть сын или потомок Кохани.

Интересно, что основа «кохан-» в украинском языке имеет ярко выраженный эмоциональный оттенок, в отличие от более нейтрального русского «любимый». Поэтому фамилия Коханин практически не встречается в великорусских говорах и явно указывает на украинские или южнорусские корни предков. В ономастике такие фамилии относят к группе «пожелательных» или «ласкательных» — их давали не по профессии или внешности, а по отношению к человеку в семье.

Встречается также вариант написания Коханов, но Коханин — более редкая форма, сохранившая именно уменьшительно-ласкательный суффикс -ан- (Коханя). По сути, это фамилия-комплимент, которая могла закрепиться за единственным или долгожданным ребёнком.