Фамилия Коханюк говорит о предке, которого окружающие называли Коханый. Это мирское имя или прозвище, которое в переводе с украинского значит «любимый, милый». Чаще всего Коханым называли горячо любимого, долгожданного ребёнка. У русских бытовал смысловой аналог — имя Любим. Менее вероятно, что прозвище дали взрослому человеку за приятный, располагающий к себе нрав, всеобщую любовь.

Суффикс -юк — ключевой маркер происхождения. Такие фамилии характерны для западноукраинских земель (Волынь, Галичина, Подолье) и для Беларуси. Суффикс -ук/-юк образовывал притяжательные формы: Коханюк — это «сын Коханого» или «потомок того, кого звали Коханый». По той же модели возникли фамилии Ковалюк (от Коваль — кузнец), Павлюк (от Павел), Романюк.

В отличие от более частых русских фамилий на -ов (Коханов), форма на -юк указывает на семейную традицию, а не на принадлежность помещику или вотчине. Носители фамилии Коханюк — это, скорее всего, потомки свободных крестьян или мещан западных губерний Российской империи, где суффикс -ук был массовым способом образовать фамилию от имени или прозвища главы семьи.