Фамилия Коханины образована от личного прозвища Коханя. В основе прозвища лежит украинское слово «коханий» — «любимый, возлюбленный». Так в семье могли назвать горячо любимого, долгожданного ребёнка или младшего, всеми обожаемого члена семьи. Прозвище было ласковым, тёплым — и закрепилось за родом уже в форме фамилии.

Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий: к основе на -а присоединяется суффикс принадлежности -ин. Коханин — буквально «сын Кохани», «из рода Кохани». Такая модель (прозвище на -а + -ин) особенно характерна для северных и центральных областей России, а также для регионов, где были сильны украинские и белорусские диалектные влияния. Поэтому географически фамилия могла возникнуть на стыке русских и украинских земель — например, на Слобожанщине, в Черниговской или Курской губерниях.

Интересно, что фамилия Коханин не единственная в этом гнезде. Однокоренные Коханов, Кохановский, Коханенко образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Если Коханин — это «чей?» (принадлежность к конкретному человеку), то Коханов — более поздняя модель на -ов, а Кохановский — фамилия, типичная для польской или западнорусской шляхты. Коханины же стоят особняком: суффикс -ин говорит о том, что фамилия сложилась довольно рано, ещё до того, как модель на -ов стала повсеместной.

Процесс превращения прозвища в наследственную фамилию был долгим. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и казаки с прозвищем Коханя, которые затем записывались уже как Коханины. Точных дат и имён первых носителей мы не знаем — архивные данные по этой фамилии пока не собраны в одном исследовании. Однако ясно, что фамилия эта не искусственная, а живая, народная, и её корень — в ласковом слове, которое передавалось от родителей к детям.