Фамилия Кокоркин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа прозвища плюс суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин, а не -ов, указывает, что прозвище отца оканчивалось на -а или -я. В данном случае исходным было прозвище Кокорка.

Что такое «кокорка»? В северных и сибирских говорах так называли стряпню — род ватрушки, лепёшки с творогом или кашей, а иногда просто сдобную булку. В. И. Даль фиксирует это слово в значении «род пирожка с творогом». Логика прозвища проста: Кокоркой могли окрестить любителя такой выпечки, пекаря, который её готовил, или человека с округлой, мягкой фигурой, напоминающей лепёшку. Это самая прямая и правдоподобная версия.

Есть и другая, менее очевидная. В некоторых диалектах «кокорка» означала также «коряга, суковатый пень, кривое дерево». Такое прозвище давали человеку коренастому, кривоногому или упрямому, «коряжистому» по характеру. Обе версии имеют право на существование, но первая — бытовая, «хлебная» — встречается в русских фамилиях чаще, чем «лесная».

Географически фамилия Кокоркин тяготеет к северу и северо-востоку России. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков Кокоркины встречаются в Вятской, Архангельской и Пермской губерниях — как раз там, где слово «кокорка» в значении «ватрушка» было в ходу, а пекарное ремесло составляло значимую часть быта. Сословно носители фамилии были в основном крестьянами и посадскими людьми, изредка — купцами, торговавшими хлебом.

Интересно, что у фамилии есть однокоренные «собратья»: Кокорев, Кокорин, Кокоркин стоит особняком из-за уменьшительно-ласкательного суффикса -к- в основе. Если Кокор — просто прозвище, то Кокорка — его «уменьшительная» форма, что могло указывать на младшего в роду или на человека, которого называли с оттенком снисходительной ласки.