Фамилия Кокорниковы (мужской вариант — Кокорников) происходит от прозвища Кокорь, которое давали по внешности или характеру. В основе прозвища лежит слово «кокора» — так на Руси называли дерево, вывороченное с корнем, или нижнюю часть такого дерева, изогнутую и корявую. Отсюда два основных значения прозвища: сутулый, кривоногий человек (по сходству с изогнутым корнем) либо, напротив, упрямый и своенравный — как коряга, которую не сдвинуть.

Менее очевидный, но вполне реальный вариант — профессиональное прозвище. В судостроении кокорами называли детали набора корпуса, вырубленные из корневищ деревьев. Мастер, делавший такие детали, мог получить прозвище Кокорь. По этой версии предок Кокорниковых был судостроителем или плотником, работавшим с изогнутыми частями дерева.

Фамилия образована по модели, характерной для северных и центральных областей России: прозвище Кокорь → отчество Кокорников (буквально «сын Кокоря») → фамилия Кокорников. Суффикс -ов- здесь выполняет роль соединительного элемента, а -ник — редкий для фамилий патронимический формант, указывающий на принадлежность. В письменных источниках встречаются ранние упоминания родственных прозвищ: князь Иван Иванович Кокора Елецкий (вторая половина XV века) и крестьянин Карп Кокорев (1625 год). Это показывает, что прозвище бытовало в разных сословиях — от князей до крестьян.

Точное место возникновения фамилии Кокорников не установлено, но по типу образования она тяготеет к говорам, где слово «кокора» было в ходу, — прежде всего к архангельским, вологодским и пермским землям, где судостроение из корневищ было частью промысла.