Фамилия Кокотова образована от прозвища или нецерковного имени Кокот. В основе лежит древнерусское слово «кокот» — петух. Прозвище Кокот давали задиристому, бойкому человеку, забияке и драчуну, чьё поведение напоминало петушиный нрав. У славян считалось почётным, чтобы петух в хозяйстве был бойким и драчливым, поэтому такое прозвище не было обидным. Есть и другая версия: происхождение от глагола «кокотать» или «кокошить» — то есть бить, колотить. Тогда Кокотом могли назвать человека с буйным и вспыльчивым характером.

Однако не исключено, что в древности Кокот было языческим именем. Следуя дохристианской традиции, родители нарекали ребёнка именем почитаемого животного, чтобы природа воспринимала его как своего, а к младенцу перешли полезные качества этой птицы. Живя по законам природы, человек сам представлял себя её частью, и имя-оберег должно было защищать и наделять силой.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: Кокот → Кокотов → Кокотова (женская форма). Исторический документ подтверждает древность фамилии: в трудах Веселовского записан Кокотова Михаил, крестьянин, 1571 год, Новгород. Это одно из ранних свидетельств бытования фамилии в северо-западных русских землях.