Фамилия Коковнев — одна из тех, что построена вокруг прозвища, и её основа звучит почти как звукоподражание. Корень здесь — «коков» или «коковь». В русских говорах «коковка» — это шишка, набалдашник, утолщение на конце палки, а ещё так называли костяной или деревянный шарик, которым играли в бабки. Человек с прозвищем Коковень мог получить его за круглую голову, шишковатую фигуру или за манеру ходить, переваливаясь, словно катится. Слово «коковня» в некоторых диалектах означало и кузнечный молот — тогда прозвище могло достаться кузнецу или человеку тяжёлой, размеренной походки.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Коковнев буквально значит «сын Коковня». Модель образования типична для русских фамилий второй половины XVI–XVII веков, когда отчества на -ов/-ев закреплялись за крестьянами и посадскими людьми. Фамилия редкая, географически привязана к центральным и северным областям России — встречается в старых переписях Вологодской и Костромской губерний, где говоры сохраняли слово «коковка».

Есть и другая, менее очевидная версия: основа могла восходить к тюркскому «кок» — «синий» или «небо», а «овнев» — адаптированный суффикс. Но это объяснение слабее: в русской ономастике фамилии с тюркским корнем обычно имеют прозрачную приставку или суффикс (-ин, -ов), а Коковнев звучит как исконно славянское образование от диалектного существительного.

Сословного барьера у Коковневых не было: в документах XVIII–XIX веков попадаются и крестьяне, и мещане, и даже один священник из Вятской губернии. Фамилия не получила дворянского распространения, но и не исчезла — её носители оставались в тех же местах, где прозвище когда-то дали предку за его «коковатую» внешность или занятие.