Фамилия Кокшагина — женская форма фамилии Кокшагин. Разберём мужской вариант, от которого она образована, и сразу увидим, что перед нами типичная «географическая» фамилия, хотя и редкая.

В основе фамилии лежит топоним Кокшага. Так называется река в Кировской области и Республике Марий Эл, левый приток Волги. Название реки финно-угорское, предположительно от марийского «кокша» — «сухой» или «мелкий» (имеется в виду пересыхающий летом ручей). Соответственно, прозвище Кокшага или Кокшагин могли дать человеку, который жил на этой реке или переселился с её берегов в другую местность.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кокшагин, то есть сын или потомок Кокшаги. Такая модель образования фамилий от названий рек характерна для северных и волжских регионов России. Сравните: Волгин, Унжин, Ветлугин.

Вероятность того, что фамилия произошла от личного имени или прозвища Кокшага, не связанного с рекой, тоже существует. В старых русских говорах слово «кокша» могло означать «пень», «колода», а также «неповоротливый человек». Но в случае с фамилией Кокшагин географическая привязка выглядит убедительнее: река Кокшага широко известна, а прозвище от «пня» встречается реже.

Таким образом, носитель фамилии Кокшагин — это, скорее всего, выходец с берегов реки Кокшаги, из той части Вятской губернии или Марийского края. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается её прозрачной «речной» основой и суффиксом принадлежности. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале — там, куда переселялись вятские крестьяне.