Фамилия Кокулина — женская форма фамилии Кокулин, и её корень лежит в прозвище или нецерковном имени Кокула. В русских говорах слово «кокула» имело несколько значений. В архангельских и вологодских диалектах так называли кокон, куколку насекомого, а в переносном смысле — закутанного, укутанного человека, похожего на кокон. В других областях «кокУла» (с ударением на втором слоге) могла означать вид пирожка, ватрушки, или же «кокуль» — чуб, хохол, вихор на голове. Прозвище Кокула могли дать человеку с заметным вихром, либо тому, кто ходил в теплой и объемной одежде, либо любителю выпечки.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования от основ на -а/-я: «чей?» — Кокулин, то есть сын или потомок Кокулы. Такая модель была распространена в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -ин часто вытесняли великорусские -ов. Интересно, что в некоторых говорах «кокула» означала и «курицу», что добавляет ещё одну возможную основу: прозвище могло быть шутливым — «наседка» или «квочка».

Встречается фамилия и в варианте Кокулин, и в варианте Кокулина (женская форма), причём географически она тяготеет к северо-востоку: Вятка, Пермь, Урал. В писцовых книгах XVII века упоминаются крестьяне Кокулины в Кайгородском уезде (современная Кировская область). Это говорит о том, что фамилия сложилась в среде черносошных (государственных) крестьян, а не дворянства, и её носители были земледельцами или ремесленниками.

Есть версия, что фамилия может быть связана с тюркским словом «кокул» — «коса, чуб» (как у казанских татар), но для русской фамилии это менее вероятно: суффикс -ин и окончание -а в основе указывают на славянскую, а не тюркскую модель. Скорее всего, Кокулины — потомки человека, которого в деревне прозвали за внешность или привычку, и это прозвище закрепилось в документах.