Фамилия Кокурников — одна из тех, где за привычным суффиксом -ов скрывается редкая и неочевидная основа. В отличие от распространённых «профессиональных» фамилий (Кузнецов, Плотников), здесь ключ к происхождению лежит в прозвище или диалектном слове. Разбирать её стоит не с корня, а с модели образования: суффикс -ник- указывает на лицо, связанное с действием или предметом, а -ов превращает это лицо в фамилию. То есть Кокурников — буквально «сын Кокурника», а сам Кокурник — человек, получивший прозвище по какому-то занятию или свойству.

Самая прямая версия отсылает к слову «кокур» или «кокурка». В русских говорах, особенно северных и уральских, кокуркой называли сдобную булочку, лепёшку или ватрушку, часто с творогом или ягодой. Кое-где «кокур» означал просто хлебец. Тогда Кокурник — это пекарь, любитель кокуров или, возможно, торговец ими. Версия логичная: прозвища по еде и выпечке давали охотно, и фамилии вроде Блинников, Пирожков, Калашников хорошо известны. Кокурников встаёт в этот же ряд, но с более редким диалектным словом.

Есть и другая, менее очевидная возможность. В некоторых говорах «кокур» могло означать засохшую корку, сухарь или даже что-то скрюченное, корявое. В этом случае прозвище Кокурник могло закрепиться за человеком не по ремеслу, а по внешности или характеру — например, за сутулым или сварливым. Однако такая версия менее надёжна: она не подкреплена устойчивой ономастической традицией, а в словарях прозвищ «кокур» в этом значении встречается редко.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России. В переписях и архивных записях Кокурниковы чаще всего встречаются в Вятской и Пермской губерниях, а также в Сибири — в тех краях, где слово «кокурка» было в ходу. Именно вятские и пермские говоры сохранили эту лексику, и там же фамилия могла возникнуть естественным путём, без книжного влияния. Сословно — скорее всего, крестьянское или мещанское происхождение: прозвища, связанные с едой или бытом, редко давали дворянам.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кокурников стоит особняком. Кокорев, Кокорин, Кокушкин — все они образованы от разных основ: «кокора» (кривое дерево, деталь судна), «кокорь» (пень), «кокушка» (кукушка). Связь с ними возможна только на уровне звукового сходства, но не смысла. Кокурников же твёрдо держится за «кокурку» — и это делает фамилию своеобразным гастрономическим следом в русской ономастике.