Фамилия Кондротенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели на -енко. В украинской ономастике суффикс -енко исторически означал «сын» или «потомок», то есть Кондротенко — это буквально «сын Кондрота». Разговорная форма Кондрот, в свою очередь, восходит к каноническому крестильному имени Кондратий (от латинского conditus — «устроенный, основательный»). В народной речи имя обросло множеством производных: Кондрат, Кондрусь, и, наконец, Кондрот — с чередованием гласных, типичным для восточнославянской диалектной фонетики.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Кондро́тенко. Такая акцентуация свойственна большинству фамилий на -енко, хотя не исключены локальные варианты. Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России — регионам, где в XVIII–XIX веках оседали украинские переселенцы. Встречаемость фамилии в Белгородской, Воронежской и Ростовской областях подтверждает миграционный след.

Редкость фамилии в том, что её основа — Кондрот — не является стандартным вариантом имени. Чаще встречаются фамилии Кондратенко (от Кондрат) или Кондратьев. Кондротенко стоит в одном ряду с такими же «редуцированными» формами, как Прокопенко (от Прокоп) или Степаненко (от Степан), но с менее очевидным корнем. Если бы не суффикс -енко, указывающий на украинское происхождение, носителя фамилии могли бы принять за потомка выходца из Польши (фамилии на -от, вроде Кондрот, встречаются и в польской ономастике, но там они чаще имеют другую суффиксацию).

Социальный состав предков Кондротенко, скорее всего, был крестьянским или казачьим. Фамилии на -енко в XVII–XVIII веках массово закреплялись за казаками и мещанами Левобережной Украины. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано, так что перед нами — типичная фамилия «простого человека», чей предок носил имя Кондратий в его разговорной огласовке.