Фамилия Кондрученков — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а, скорее всего, прозвище, образованное от глагола «кондручить». В говорах (особенно южнорусских и украинских) это слово означало «упрямиться», «капризничать», «делать наперекор». Человек с таким прозвищем, Кондрука, мог отличаться своенравным, строптивым характером. Менее вероятно, хотя и возможно, что в основе лежит диалектное «кондры» — так в некоторых местах называли конопляное семя или жмых; тогда прозвище могло относиться к торговцу или производителю этого товара.

Сама словообразовательная цепочка нестандартна. Суффикс -енк- в фамилиях обычно указывает на украинское или белорусское происхождение (как в фамилиях Кондратенко, Шевченко), но здесь он оброс русским патронимическим суффиксом -ов. Получается гибридная модель: сначала от прозвища Кондрука образовали отчество Кондрученко («сын Кондруки»), а затем, при переносе на русскую почву или при адаптации в северных уездах, к нему добавили стандартное русское окончание -ов. Такой тип фамилий (на -енков) характерен для переходной зоны — Смоленщины, Брянщины, юга Псковской области, где украинские и белорусские формы смешивались с великорусскими.

Фамилия не относится к дворянским или старым московским. Скорее всего, её носители — крестьяне или однодворцы (потомки служилых людей по прибору), жившие на южных рубежах Русского государства. Прозвище Кондрука могло закрепиться за одним человеком в XVI–XVII веках, а фамилия оформилась уже к середине XVIII века, когда крестьян начали массово переписывать с отчествами.

В написании путаницы почти нет: безударное «о» в первом слоге (Кондрученков) устойчиво, хотя в документах XIX века можно встретить вариант «Кандрученков» — под влиянием акающего произношения. Родственные фамилии — Кондруков, Кондраченков, Кондрушин — образованы от того же корня, но с разными суффиксами.