Фамилия Кононир — редкий пример, где в основе лежит не имя, не профессия в бытовом смысле, а прямое воинское звание. Исходное слово — «канонир», заимствованное из французского canonnier. Так называли рядового артиллериста, солдата, обслуживающего пушку. В русской армии этот термин был официальным: канониры входили в состав артиллерийских полков и бомбардирских рот. Прозвище Кононир, таким образом, мог получить человек, отслуживший в артиллерии и сохранивший за собой это обозначение — либо как память о службе, либо как уличное прозвище.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с «канонеркой» — небольшим бронированным военным судном с пушками среднего калибра. В таком случае прозвище могло закрепиться за матросом или офицером, служившим на судне этого типа. Но здесь важно уточнить: самих канонерских лодок в русском флоте было много, а вот прозвище, образованное от названия судна, встречается реже, чем прямое указание на род войск. Поэтому версия с артиллерией выглядит предпочтительнее.

Фамилия образована по простой модели: прозвище Кононир перешло в фамилию без дополнительных суффиксов. Это характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где фамилии нередко оставляли в чистом виде, без окончаний -ов, -ев или -ин. В северных и центральных областях России скорее появились бы варианты Конониров или Конониркин. Само написание через «о» — Кононир, а не Канонир — говорит о том, что фамилия закрепилась уже в русской устной передаче, где безударное «а» перешло в «о».

Среди носителей фамилии Кононир нет громких исторических фигур, известных по энциклопедиям, — это фамилия недворянская, скорее всего, солдатская или казачья. Поиск по архивным записям показывает, что в XIX веке Конониры встречались в южных губерниях Российской империи, особенно в Херсонской и Екатеринославской, где артиллерийские части квартировали постоянно. Встречается фамилия и сейчас, но остаётся редкой.