Фамилия Кононирова — женская форма, а её основа — мужская фамилия Конониров, которая образована по редкой для русских фамилий модели. В отличие от привычных Кононовых или Кононенко, здесь работает суффикс -иров, который встречается в основном у фамилий, произошедших от прозвищ или профессий, связанных с действием или принадлежностью к чему-то. Конониров буквально означает «сын Кононира» или «тот, кто относится к Конониру».

Само имя Кононир — это народная форма канонического имени Конон. В русской традиции имена часто «обрастали» суффиксами: Конон → Кононир (по аналогии с такими формами, как Сидор → Сидир, или с уменьшительно-ласкательными окончаниями). Имя Конон имеет греческие корни и означает «трудящийся» или «работающий» (от греческого «конос» — труд). В святцах почитается мученик Конон Исаврийский, что делало имя популярным среди крестьян и духовенства.

С географической точки зрения, фамилия Конониров (и её женская форма) встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или однодворцами — людьми, которые несли пограничную службу и имели свои наделы. Редкий суффикс -иров мог возникнуть под влиянием местных говоров, где имена «укорачивали» или, наоборот, «наращивали» для благозвучия.

Филологически интересно, что Конониров — не единственная фамилия с таким суффиксом. Есть, например, Савиров (от Савва) или Лавриров (от Лавр), но все они крайне редки. Это говорит о том, что фамилия Кононирова возникла не в результате массового «окончания на -ов», а как локальное, семейное прозвище, которое потом закрепилось в документах. Если ваш предок носил такое прозвище, он мог быть человеком с характером — «трудягой» или, наоборот, «конюхом» (в некоторых говорах «кононир» означало конюха, хотя это менее вероятно, чем связь с именем).