Фамилия Конониров — редкий случай, когда суффикс указывает не на происхождение, а на социальный статус предка. В ней сразу два патронимических суффикса: -ов и -ич (в форме -иров). Такая модель была характерна для фамилий духовенства, особенно в XVII–XVIII веках, когда семинаристам и священникам давали фамилии по имени отца, но с искусственным, «учёным» окончанием. Рядовые крестьяне или дворяне так свои фамилии не строили: двойной суффикс — это маркер книжной, церковной среды.

Основа фамилии — каноническое имя Конон. В православных святцах оно восходит к греческому Konon (от konos — «конус», «шишка», но в переносном смысле — «краткий», «сжатый»). Святой Конон Исаврийский, живший в III веке, почитается как мученик. В русской традиции имя было распространено в крестьянской и особенно в духовной среде: на юге России и в Белоруссии встречались варианты Конон, Канон, а фамилия Кононов — одна из самых частых от этого имени.

Конониров — не то же самое, что Кононов. Если Кононов — это прямой ответ на вопрос «чей сын?» (сын Конона), то Конониров — «сын Конона» в более формальной, почти фамильной записи, где -иров выполняет роль двойного указания на родство. Такие фамилии часто закреплялись за детьми священников, когда в семинарии или епархии требовалось точнее отличить одного Кононова от другого: прибавляли -ич, а потом русифицировали в -иров.

Встречается фамилия в центральных и южных губерниях Российской империи, особенно в Тульской, Рязанской и Курской областях, где было много церковнослужителей. В современных базах данных Кононировых немного, и почти все они — потомки тех самых семинаристов или приходских священников. Фамилия не имеет отношения к коню или конюшне (хотя народная этимология могла бы подсказать такую версию): это чисто именная, церковная фамилия с необычной для русского уха конструкцией.